Cuando procedes a copiar varios archivos en una carpeta en la que ya existen archivos con el mismo nombre, Windows te pregunta lo siguiente :

"La carpeta ya contiene el archivo llamado xxxx.exe"
Ud. quiere reemplazar el archivo existente ... 807 Kb. modificado el 13 de Mayo de 2.009 a las ...
Por este otro .............................................. 807 Kb. modificado el 13 de Mayo de 2.009 a las ...
y las opciones son "SI" - "SI A TODO" - "NO" - "CANCELAR"
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El problema radica en que te hace la misma pregunta por cada archivo que ya existe en la carpeta receptora. Que falta entonces ?. Pareciera que al igual que el botón "Si a todo", faltara un botón para "No a todo". Imagina que son 80 archivos y 30 son duplicados. Vas a tener que hacer click 30 veces en el botón "No".
Cual es el truco ? ...., presiona la tecla "Shift" y haz click con el mouse en el botón "No". De esta manera tendrás un "No a todo" y solo se copiaran los que no estén duplicados.